Một số nhân tố rủi ro quan trọng nhất đối với các tổ chức sử dụng công nghệ CASE bao gồm:

• Tiêu chuẩn hoá không đầy đủ. Các tổ chức thường phải điều chỉnh, áp dụng các phương pháp và các công cụ theo những yêu cầu cụ thể của họ. Điều đó đòi hỏi một nỗ lực đáng kể để tích hợp các công nghệ cũng như các phương pháp khác nhau.
• Kỳ vọng không thực tế. Những người đề xướng về công nghệ của CASE - đặc biệt là các nhà cung cấp tiếp thị các bộ công cụ đắt tiền - thường thổi phồng rằng cách tiếp cận mới sẽ là phương pháp đơn giản nhất giúp giải quyết mọi vấn đề. Trong thực tế, không có công nghệ nào có thể làm điều đó và nếu các tổ chức tiếp cận CASE với kỳ vọng không thực tế, chắc chắn họ sẽ thất vọng.
• Đào tạo không đầy đủ. Như với bất kỳ công nghệ mới nào, CASE đòi hỏi phải có thời gian để đào tạo mọi người về cách sử dụng các công cụ và biết được đầy đủ thông tin về chúng. Các dự án CASE có thể thất bại nếu các học viên không có đủ thời gian cho việc đào tạo hoặc nếu đó là dự án đầu tiên thử nghiệm công nghệ mới thì đó chính là một nhiệm vụ khó khăn và đầy rủi ro.
• Kiểm soát quá trình không đầy đủ. CASE cung cấp các khả năng mới trong việc sử dụng các loại công cụ mới theo cách sáng tạo. Tuy nhiên nếu không có hướng dẫn quy trình thích hợp và không kiểm soát những khả năng này thì có thể sẽ tạo nên những vấn đề nghiêm trọng mới.[9]